Melihat Omicron Dari Alpha

Varian Alpha Sars-CoV-2 atau yang disebut dengan B.1.17, memiliki mutasi yang terletak pada protein spike atau durinya, yang mana dibelah oleh enzim yang disebut furin.

Para ilmuwan percaya bahwa mutasi ini berkontribusi pada kemampuan varian Alpha untuk menyebar lebih luas dan memperparah penyakit ini.

Walau demikian, penelitian terbaru yang dilakukan oleh para peneliti dari Cornell University, Amerika Serikat, menyatakan bahwa pembelahan pada spike oleh furin tidak berkontribusi pada kemampuan varian Alpha untuk menyebar dan menginfeksi sel-sel manusia.

Pada varian terbaru Omicron terjadi mutasi yang mirip dengan mutasi pada varian Alpha, termasuk mutasi pada spike yang dibelah oleh furin atau yang disebut dengan furin cleavage site.

Peneliti utama dari penelitian tersebut Dr. Gary Whittaker, seorang ahli virus pada Cornell menjelaskan “Omicron memiliki fitur yang sama dengan Alpha. Oleh karenanya kita mempelajari varian Alpha untuk mengerti varian Omicron dan varian-varian lainnya dikemudian hari.”

Peningkatan kemampuan menyebar namun berkurangnya keparahan yang disebabkan oleh varian Omicron, jika dibandingkan dengan varian Alpha kemungkinan akibat perbedaan genetik lainnya.

Furin Cleavage Site

Kesalahan ketika replikasi virus dapat menimbulkan mutasi pada gnome, pada akhirnya akan memunculkan varian baru.

Walaupun mutasi merupakan sesuatu yang tidak terhindarkan dari proses replikasi suatu virus, hanya sebagian kecil mutasi yang ada bertanggung jawab atas meningkatnya kemampuan virus dalam menyebar dan keparahannya.

Variants of concern, yang mana varian yang meningkat kemampuan menyebarnya, keparahan gejala yang dihasilkan dan kemampuan untuk menghindari sistem imun cenderung mengalami berbagai mutasi pada gnome varian virus.

Para ahli belum mengerti betul apa fungsi dari setiap mutasi yang terjadi dengan meningkatnya kemampuan menyebar virus.

Varian Alpha, yang mana pertama kali diidentifikasi di Inggris pada tahun 2020 lalu. Varian alpha ini 45-71% lebih mudah menyebar dibandingkan virus original Sars-CoV-2 yang berasal dari Wuhan.

Varian alpha memiliki 23 mutasi pada gnome, termasuk sembilan pada gen yang mengatur protein spike.

Para peneliti memperhatikan berbagai mutasi pada protein spike, di berbagai varian dan menemukan bahwa mutasi ini dikaitkan dengan peningkatan kemampuan virus untuk menyebar.

Protein spike yang berada di permukaan virus memungkinkan virus untuk mengikat dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 yang ada pada permukaan sel-sel manusia.

Pembelahan pada protein spike akibat dari enzim furin, yang berperan penting untuk memfasilitasi masuknya virus melalui sel-sel paru-paru.

Tes Biokimia

Untuk memahami akibat yang ditimbulkan oleh mutasi ini, para peneliti menggunakan pendekatan bioinformatics. Bioinformatics melibatkan software untuk menganilisa data-data biologi dan dapat memprediksi struktur dari protein menggunakan data-data yang ada.

Analisa bioinformatics dapat memprediksi bahwa mutasi yang terletak pada furin cleavage site pada varian Alpha.

Cara yang dilakukan oleh peneliti untuk mengonfirmasi prediksi mereka adalah dengan meng-inkubasi fragmen kecil dari protein spike yang memiliki furin cleavage site dari varian Alpha dan varian asli yang berasal dari Wuhan.

Tes yang dilakukan menunjukkan bahwa protein spike yang berada di varian Alpha dibelah lebih banyak dibandingkan virus aslinya, namun hal ini terjadi pada pH tertentu.

Sel Masuk

Para peneliti kemudian menggunakan pseudoparticle untuk menguji dampak mutasi yang berada pada furin cleavage site dengan meningkatnya kemampuan untuk menginfeksi sel manusia.

Pseudoparticle ini terdiri dari virus pengganti selain Sars-CoV-2 namun memiliki kemiripan protein dengan Sars-CoV-2. Virus pengganti ini memiliki komponen yang diperlukan untuk menginfeksi sel-sel namun tidak memiliki kemampuan untuk mereplikasi, sehingga tidak berbahaya.

Pada penelitian terkini, peneliti menggunakan pseudoparticle yang memiliki protein spike mirip dengan virus Sars-CoV-2 asli dan varian Alpha.

Para peneliti juga menggunakan tipe ketiga pseudoparticle yang mengekpresikan perubahan protein spike virus Sars-CoV-2 asli yang juga terdiri dari satu perubahan yang ditemukan pada varian Alpha.

Modifikasi protein spike Sars-CoV-2 hanya memiliki saru perubahan yang berada pada furin cleavage site, yang mana disebabkan oleh mutasi tertentu dari varian Alpha, namun tidak memilki perubahan lainnya yang ada pada protein spike varian Alpha.

Para peneliti kemudian membandingkan kemampuan tiga pseudovirus di atas untuk menginfeksi sel Vero.

Virus-virus tersebut dapat masuk melalui dua jalur. Satu jalur melibatkan fusion dari virus envelope dengan membran dari sel-sel manusia yang dimediasi dengan enzim TMPRSS2, yang berada pada permukaan sel-sel manusia. Jalur lainnya, virus masuk melalui endosome yang terdapat dalam sel-sel tubuh.

Para peneliti menggunakan dua tipe sel Vero. Hasilnya tidak ditemukan perbedaan atas kemampuan tiga pseudovirus menginfeksi dua tipe sel Vero.

Tinggalkan Balasan

Email Anda tidak akan di publikasikan. Bidang yang ditandai * harus diisi